创建并使用sigularity images

容器镜像可以很好的帮我们储存，分享代码运行环境，这里简单分享自定义的sigularity image的创建方法和使用

0.前提

1. 在系统上安装sigularity
2. 如果要上传远程仓库，需要先登录

1.创建Singularity Definition File

创建一个Singularity Definition File（my_test_image.def）:

主要是在%post标签下添加我们所需要的软件/模块/包的安装命令，安装命令需要与From后的平台相匹配，Bootstrap表明了文件的储存位置，如果不想上传远程储存，可以用localimage

Bootstrap: docker
From: ubuntu:20.04

%post
    apt-get -y update && apt-get install -y python3
    apt-get -y update && apt-get install -y samtools
    apt-get -y update && apt-get install -y multiqc


%runscript
    samtools -v
    multiqc -v

2.创建环境并上传

这里根据Bootstrap下的标签上传到不同的远程仓库

singularity build --remote my_test_image.sif my_test_image.def

3.使用环境

将环境从远程仓库下载下来：

singularity pull my_test_image.sif docker://my_test_image

直接run环境会执行 %runscript 标签下的脚本

singularity run test_image.sif

执行其他命令：

singularity run my_test_image.sif samtools index test.bam

镜像仓库

galaxy project

参考资料

Introduction to containers and singularity
Apptainer